Su primera novela, La ciudad y los perros (1963) se desarrolla en medio de una comunidad de estudiantes del Colegio Militar Leoncio Prado (situado en el Callao) y se basa en las experiencias personales del autor.​ Esta prematura obra adquirió la atención general del público así como un éxito inmediato. Su vitalidad y hábil uso de técnicas literarias sofisticadas impresionó de inmediato a los críticos,​ y ganó así el Premio de la Crítica Española. ​ En 1966 aparece su segunda novela, La casa verde, acerca de una casa-burdel del mismo nombre cuya presencia en Piura afecta las vidas de los personajes. La trama se centra en Bonifacia, una chica de origen aguaruna que es expulsada de un convento para transformarse luego en «la selvática», la prostituta más conocida de «La casa verde». La novela obtuvo de inmediato una entusiasta recepción por parte de la crítica, que confirmaba a Vargas Llosa como una importante figura de la narrativa latinoamericana. ​ Tres años más tarde publica Conversación en La Catedral, su tercera novela, y en 1971 sale García Márquez: historia de un deicidio, que había sido su tesis doctoral en la Universidad Complutense de Madrid.​