La ciudad de Cobija está enclavada en la amazonía norte de Bolivia, que además forma parte del sudoeste de la amazonía continental, una región de gran biodiversidad y de predominancia boscosa, esla única capital departamental boliviana situada situada en frontera internacional.
Un primer efecto de carácter regional y directo es el humo proveniente de la quema de bosques y pastizales que al menos dos meses al año enturbia el aire y provoca problemas de salud.
La deforestación contribuye también a la disminución de la humedad del bosque y a la disminución a nivel de aguas de los ríos.