Noli me tangere es, a la vez, una novela costumbrista sobre la Filipinas de la época anterior a su independencia de España, una novela romántica y sentimental acerca de amores contrariados o imposibles y un alegato contra la degradación moral de la sociedad filipina por la imposición de una religiosidad en los límites de la superstición. A todo ello se añade una reflexión política sobre las difíciles relaciones de la colonia con su metrópoli. Su argumento es el siguiente: Crisóstomo Ibarra, un joven mestizo (hijo de español y de filipina), regresa a su patria después de haber pasado unos años en Europa para adquirir una formación más cosmopolita. A su vuelta descubre la manera terrible como ha muerto su padre: acusado falsamente por envidias, muere en la cárcel y su cuerpo es desenterrado del cementerio cristiano y arrojado al mar por indicación del párroco del pueblo, el franciscano fray Dámaso, antaño amigo suyo. Crisóstomo ama a una joven María Clara, y es correspondido por ella. Los padres de ambos habían sellado una promesa de matrimonio para cuando Ibarra regresara de Europa y en ese momento ambos jóvenes renuevan su pacto amoroso.