Gobernando los Andes nos presenta el gobierno (1569-1581) de Francisco de Toledo, quizás el virrey más controvertido de la historia colonial, como parte del esfuerzo que la España de Felipe II hizo por centralizar el poder sobre todos sus dominios, tanto americanos como europeos. Toledo se preocupó por establecer formas regulares de obtención de recursos para la metrópoli y vio claramente que, para lograr su propósito, debía poner bajo el más estricto control a la elite nativa, así como reestructurar los patrones poblacionales andinos y la misma organización social indígena. Se formalizaron así tanto las reducciones —pueblos-concentraciones de indios que facilitaban la exacción del tributo y el desarrollo de la evangelización— como la mita —prestaciones obligatorias de trabajo por turnos—, que en el ámbito minero fueron decisivos para garantizar la provisión de metales preciosos a España.