Los fondos documentales del Archivo Histórico Municipal de Cochabamba, están divididos en dos grandes series: Protocolos Notariales y Expedientes. La serie Protocolos contiene documentación desde 1559 a 1900. Está subdividida a su vez en: Protocolos Coloniales Cochabamba (PCC), Protocolos Coloniales Mizque (PCM), Protocolos República Cochabamba (PRC), Protocolos República Quillacollo (PRQ).
La serie expedientes comprende lo referente a demandas judiciales, juicios civiles y criminales. Está subdividida en: Expedientes coloniales Cochabamba (ECC), Expedientes Coloniales Mizque (ECM), Expedientes República Cochabamba (ERC), Expedientes República Provincias (ERP).