Por pedido de la ciudad de Tarija, que se comprometía a la construcción del convento y sustento de los franciscanos, y la aprobación de la Audiencia de La Plata, la semana después de Pentecostés, el 18 de Mayo de 1606, se pusieron los cimientos de una pequeña realidad conventual dentro el espacio de dos cuadras. Sin embargo, su continuación fue interrumpida por problemas de terrenos. La Intervención de la Audiencia permitió seguir con los trabajos, el año siguiente. Se construyeron las oficinas, que daban a la actual calle La Madrid (donde está el salón parroquial se decidió un ambiente, definido “capilla interinaria”) y las celdas de los hermanos, cercanas al límite establecido por la futura construcción del templo. Ésta se empezó en el año de 1625 y terminó en 1647. Su forma arquitectónica correspondía al presbiterio actual, a cruz latina, que se prolongaba hasta la mitad de la nave central. El convento debía subsistir como “recolecta” (convento de estricta observancia), y tal proyecto no fue posible por la falta de religiosos.