Fue construida entre los siglos XVI y XVIII en el denominado estilo barroco mestizo. Entre los hitos mas importantes de su Historia podemos mencionar los siguientes: En 1548 se funda el Convento de San Francisco a orillas del río Choqueyapu por Fray Francisco de Morales. Agosto de 1549 se inicia la construcción de la primera Iglesia de San Francisco, que sería concluída en 1581. Entre 1608 y 1612 se desploma la primera Iglesia por efecto de una nevada de proporciones considerables. Entre 1743 y 1744 se inicia la construcción de la iglesia actual. En 1753 se concluye con el cierre y el techado de la cúpula del crucero. El 23 de abril de 1758, se procede a su consagración. En 1790, concluye el tallado de su fachada. En 1885 se inicia la construcción de su única torre. En 1948 es declarada Basílica menor. Entre 1950 y 1960 de demuele el convento y se reconfigura el atrio. Entre 1965 y 2005 se procede a la restauración de la Iglesia y el Convento; y parte del convento es habilitado como museo.^ies